Populære Innlegg

Redaksjonens - 2019

Crowdsourcing-plattformen gjør offentlige genuttrykksdata mer tilgjengelige

Anonim

Forskere fra National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), en del av National Institutes of Health, har utviklet en gratis nettbasert plattform som bruker en crowdsourcing tilnærming til å gjøre offentlige genuttrykksdata mer tilgjengelige for biomedisinske forskere uten beregningsekspertise. De beskriver plattformen, kalt OMics Compendia Commons (OMiCC), i den 20. juni online-utgaven av Naturbioteknologi.

annonse


Offentlige databaser inneholder millioner av genuttrykksprofiler - data som beskriver i hvilken grad gener blir slått på eller av under visse forhold. Potensielt kan forskere bruke disse dataene til å generere og adressere nye forskningsspørsmål. For eksempel kan forskere gjenopprette et datasett som sammenligner blodprøver fra medikamentbehandlede og ubehandlede personer for å undersøke effekten av kjønn ved behandling. Imidlertid forblir denne mengden informasjon stort sett uutnyttet for slik gjenbruk av data, delvis fordi mange biologer mangler den programmeringskompetanse som er nødvendig for datainnhenting, behandling og analyse. I tillegg inneholder offentlige databaseoppføringer vanligvis rå studiedata, som må struktureres for analyse.

OMiCC har som mål å benytte folkekonkurranse teknikker for å utnytte kompetansen til forskningsmiljøet for å overvinne disse utfordringene. Innenfor plattformen kan brukerne opprette grupper av genuttrykksdata og "annotere" dem ved å tilordne parametere, som eksempeltype og sykdom, ved hjelp av et standardisert ordforråd. OMiCC lagrer disse brukeropprettede gruppene og tilhørende merknader, slik at de blir tilgjengelige for andre for gjenbruk.

Innen OMiCC kan brukerne samle disse datagruppene og analysere informasjon fra flere studier for å søke etter biologiske forhold, en statistisk tilnærming kjent som meta-analyse. NIAID-forskerne forventer at når brukerne i OMiCC vokser, vil plattformen utvikle seg til en rik ressurs som kan forvandle den økende mengden av offentlige data til ny biologisk innsikt.

OMiCC er tilgjengelig på //omicc.niaid.nih.gov. Nettstedet gir videoer og en trinnvis veiledning for å hjelpe brukerne med å navigere på plattformen.

annonse



Historie Kilde:

Materialer levert av NIH / Institutt for allergi og smittsomme sykdommer . Merk: Innholdet kan redigeres for stil og lengde.


Tidsreferanse :

  1. Naisha Shah, Yongjian Guo, Katherine V Wendelsdorf, Yong Lu, Rachel Sparks, John S Tsang. En folkemessig tilnærming til gjenbruk og meta-analyse av genuttrykksdata . Naturbioteknologi, 2016; DOI: 10, 1038 / nbt.3603