Populære Innlegg

Redaksjonens - 2019

Genomsekvensering bidrar til å bestemme utbruddet av tuberkuloseutbrudd

Anonim

Ved hjelp av genom-sekvensering, har forskere fra University of British Columbia, sammen med kollegaer på Imperial College i London, nå muligheten til å bestemme når utbrudd av tuberkulose (TB) er over.

annonse


Forskningen er den første i sitt slag for å demonstrere at genomanalyse kan brukes til å bestemme når et TB utbrudd er avsluttet - verdifull kunnskap som kan hjelpe folkesundhetsutredere å forstå et utbrudds dynamikk og veilede et realtidshelsespons i sanntid. Genomisk analyse innebærer å lese de komplette genetiske instruksjonene til patogenene som forårsaker en sykdom, og å bruke disse dataene til å avlede hvem som kan ha smittet hvem. Ved å lete etter mutasjoner som deles mellom patogener hentet fra forskjellige mennesker, kan forskere se hvilke patogener som er nært knyttet til hverandre, noe som tyder på potensiell overføring.

"Å avklare slutten av TB-utbrudd er en vanskelig ting å gjøre, " sa seniorforfatter Jennifer Gardy, assisterende professor i UBCs skole for befolkning og folkehelse og seniorforsker ved British Columbia Center for Disease Control. "Fordi bakterien som forårsaker TB, kan ligge sovende i en persons lunge i måneder eller år før det forårsaker sykdom, hadde vi ingen måte å vite om et TB-tilfelle vi nettopp har diagnostisert, var en nylig infeksjon - noe som tyder på at utbruddet fortsatt skjer - eller om personen ble smittet for mange år siden. "

Ved hjelp av matematiske og statistiske teknikker vurderte forskerne et TB utbrudd som begynte i mai 2008 og var i stand til å bestemme når hvert utbruddssak var smittet. Dette ga offentlige helsepersonell en måte å bestemme når sykdomsoverføring hadde stoppet og utbruddet var avsluttet. De var i stand til å erklære utbruddet i januar 2015, etter at dataene indikerte at det ikke var forekommet sykdomsoverføring siden midten av 2012.

"Ved å bruke en rekke teknikker fra verden av matematikk og statistikk, kan vi komme opp med en estimert tid hvor hver infeksjon skjedde, " forklarte Gardy. "Denne informasjonen er utrolig nyttig for de offentlige helsemyndighetene som styrer et utbrudd. Å reagere på et utbrudd krever mye innsats og ressurser, og vi må vite når vi kan gå ned på vårt svar."

"Genomics har blitt brukt til å overvåke infeksjonssykdomsutbrudd før, men dette er første gang det har vært mulig å erklære et komplisert utbrudd av TB over, " sa Gardy. "Det åpner virkelig nye dører i verden av TB-kontroll."

Bakgrunn

Denne studien ble publisert i Microbial Genomics .

I 2011 var Gardy og hennes kolleger den første til å bruke den fremvoksende vitenskapen til genomikk for å løse et utbrudd av TB. Ved å lese den komplette DNA-sekvensen av TB-bakterien fra hver pasient i et utbrudd viste hennes gruppe at det var mulig å avgjøre hvem som sannsynligvis smittet hvem i utbruddet. Dette nye arbeidet utvider denne tidligere undersøkelsen ved å introdusere en ny metode for å bestemme når disse infeksjonene oppstod.

annonse



Historie Kilde:

Materialer levert av University of British Columbia . Merk: Innholdet kan redigeres for stil og lengde.


Tidsreferanse :

  1. Hollie-Ann Hatherell, Patrick Tang, Sue L. Pollock, Xavier Didelot, James C. Johnston, Jennifer L. Gardy, Anamaria Crisan, Caroline Colijn. Deklarere et tuberkuloseutbrudd med genomisk epidemiologi . Microbial Genomics, 2016; 2 (5) DOI: 10, 1099 / mgen.0.000060